Hauptgrund dafür war ihre feste Überzeugung, dass Kirchenlehren, die einander ausschließen, in einer Kirche nicht gleiches Recht haben können. Das gilt z.B. für die unterschiedliche Lehre von Lutheranern und Reformierten über das Heilige Abendmahl. Es ging also darum, der lutherischen Kirche die Eigenständigkeit ihres Bekenntnisses und ihres Gottesdienstes zu sichern. Da beides in den nunmehr unierten Landeskirchen nicht mehr möglich war, wollten die Lutheraner die Selbständigkeit ihrer Verfassung (wieder) erringen. Zur Entstehung solcher lutherischen Kirchen trug auch die bibelkritische Theologie bei, die sich von den staatlichen Universitäten her ausbreitete. Ein dritter Anlass zu lutherischer Freikirchenbildung – ebenfalls im letzten Drittel des 19. Jahrhunderts – waren Übergriffe der Behörden auf angestammtes kirchliches Recht.

Die SELK ging 1972 aus dem Zusammenschluss bis dahin eigenständiger kleiner lutherischer Kirchen auf dem Gebiet der alten Bundesländer hervor. 1991 trat auch die Evangelisch-Lutherische (altlutherische) Kirche in der früheren DDR der SELK bei. Damit sind fast alle konfessionell-lutherischen Minderheitskirchen in Deutschland zu einer Körperschaft vereinigt.

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